En diciembre se crea la delegación de Fundación Amigó en Cantabria. De este modo, la Casa de los Muchachos y el SOAM comienzan a formar parte de la Fundación Amigó.

En 1999 el Patronato decide iniciar la delegación en Costa de Marfil.

Durante el verano de 1999, tiene lugar el primer campamento urbano del SOAM en la ciudad de Torrelavega. 

El Centro Cultural Amigó fue inaugurado a finales del año 2000 en el barrio de San Lorenzo de Castellón con el objetivo de ofrecer un recurso de dinamización comunitaria y apoyo escolar a niños y niñas en riesgo de exclusión social y a alumnado absentista. Este servicio se desarrolló hasta el año 2012, cuando fueron cumplidos todos los objetivos.

 Asumimos la gestión del centro Amigo Doumé en Abidjan (Costa de Marfil), nuestro recurso de protección y formación profesional. Del mismo modo, comienza nuestro proyecto de apoyo a los jóvenes de la cárcel de menores de la misma ciudad.

Nos adherimos a la Asociación Española de Fundaciones. 

Se crea una delegación permanente de Fundación Amigó en la Comunidad Foral de Navarra.

Se aprueba la creación de una delegación permanente de Fundación Amigó en País Vasco.

Inauguramos Hogar Amigó, recurso residencial en el que atendemos a niños, niñas y jóvenes entre 3 y 18 años en situación de desprotección, con diferentes perfiles y problemáticas. Es el primer centro de protección de niños y niñas en el que desarrollamos nuestro trabajo.

Comenzamos a gestionar el Grupo de Convivencia Educativa Luis Amigó, en Madrid, primer centro específico que gestionamos para el cumplimiento de medidas judiciales por delitos de violencia filio-parental.

Obtenemos la certificación de nuestro sistema de gestión de calidad según el estándar ISO 9001:2008.

Iniciamos nuestra intervención en el Hogar Hogar Zabalondo Etxea, recurso residencial en el que atendemos a adolescentes entre 13 y 18 años que presentan conductas violentas hacia sus padres/madres.

Inauguramos en Madrid el proyecto Kanguroteca, un servicio de atención a bebés y madres en riesgo de exclusión social.

En octubre de 2011 iniciamos el programa de acercamiento a la administración de justicia, a través del cual se facilitó el acercamiento de adolescentes, estudiantes de centros educativos de Bizkaia, a la Administración de Justicia con el objetivo de dar a conocer su funcionamiento y prevenir acciones delictivas. Finalizó en junio de 2012 tras cumplirse los objetivos del proyecto.

El centro Cabanyal pasa a ser un recurso específico de cumplimiento de medidas judiciales por delitos de violencia filio-parental.

Nos adherimos a SEVIFIP, entidad que agrupa a personas y entidades que trabajan en el ámbito de la violencia filio-parental. Somos una de las entidades fundadoras de la red.

Lanzamos una campaña de emergencia por el Tifón Yolanda en Filipinas. Con la colaboración de Colegios Amigó se consiguió recaudar alrededor de 100.000 euros destinados a enfrentar la emergencia, en coordinación con el Friendship Home Father Luis Amigó de Manila.

Iniciamos un nuevo recurso específico de cumplimiento de medidas judiciales por delitos de violencia filio-parental, el Grupo de Convivencia Educativa Alicante-Amigó.

Publicamos nuestra Política de Protección de la infancia, adolescencia y personas adultas, que establece los principios y el manual de buenas prácticas para la promoción del buen trato y la respuesta a situaciones de vulneración de la infancia y la adolescencia en el seno de la Fundación. Además establece las competencias de la Comisión de Protección  encargada de velar por el cumplimiento de la Política.

Inauguramos el Hogar Berango en País Vasco, un recurso residencial especializado en problemáticas en el vínculo afectivo familiar derivadas de adopciones o acogimientos familiares fallidos.

Durante 2015, iniciamos el Proyecto Labora, un servicio que más tarde daría lugar a nuestro Centro de Inserción Sociolaboral Amigó (CISLA), dirigido a  ofrecer asesoramiento, formación y acompañamiento en el proceso de inserción laboral a jóvenes en situación de dificultad, entre ellos/as, jóvenes extutelados/as.

Recibimos el premio a la Mejor Iniciativa de Innovación Social de la Asociación Española de Fundaciones.

Inauguramos el proyecto Valéncia Inclou, un recurso que ofrece alojamiento y atención integral a personas inmigrantes mayores de edad, en situación de vulnerabilidad o en riesgo de exclusión social.

Obtenemos el sello “Fent empresa. Iguals en oportunitats”, otorgado por la Dirección General del Instituto Valenciano de las Mujeres y por la Igualdad de Género de la Generalitat Valenciana,

Comenzamos a atender a jóvenes e impartir talleres de formación profesional en el Centro Zagal de Costa de Marfil, un recurso destinado a proteger y formar a mujeres jóvenes.

Iniciamos el Proyecto de Acompañamiento Individualizado Prolongado con el objetivo de seguir apoyando a jóvenes que terminan la intervención en nuestros centros de protección. 

Inauguramos en Castellón el Hogar Cándido Lizarraga, un recurso de protección destinado a acoger, atender y educar, con carácter temporal a menores de edad que necesitan una atención específica por encontrarse en una situación de desprotección.

Replicamos el Proyecto Conviviendo en Alicante.

Se lanza el curso de Experto Universitario en Infancia y Adolescencia y el Certificado Universitario en Protección a la Infancia y Adolescencia, ambos organizados por la Universidad de Valencia y la Cátedra Luís Amigó.

Recibimos el premio Aprendizaje-Servicio, en la categoría Inmigración y Convivencia, de la Red Española de Aprendizaja-Servicio, Educo y Editorial Edebé.

Participamos en la creación de la Red de Entidades para la Inclusión de Menores y Jóvenes Migrantes «IntegrACCIÓN» en la Comunidad de Madrid.

Iniciamos el programa Kumpania en Castellón de la Plana, un recurso de mejora socioeducativa dirigido a niños, niñas y adolescentes de etnia gitana.

Iniciamos el Proyecto Creciendo en Alicante, Castellón, Valencia, un recurso dirigido a familias con hijos/as menores de 14 años que han cometido alguna conducta ilícita y tiene el objetivo de prevenir la delincuencia infanto-juvenil.

Replicamos el Proyecto Creciendo en A Coruña.